Uncovering Cryptic Asexuality in Daphnia magna by RAD Sequencing
Nils Svendsen, Celine M. O. Reisser, Marinela Dukić, Virginie Thuillier, Adeline Ségard, Cathy Liautard-Haag, Dominique Fasel, Evelin Hürlimann, Thomas Lenormand, Yan Galimov and Christoph R. Haag
Genetics November 1, 2015 vol. 201 no. 3 1143-1155; https://doi.org/10.1534/genetics.115.179879
Nils Svendsen
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Celine M. O. Reisser
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Marinela Dukić
‡Zoology Institute, Evolutionary Biology, University of Basel, 4051 Basel, Switzerland
Virginie Thuillier
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Adeline Ségard
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Cathy Liautard-Haag
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Dominique Fasel
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Evelin Hürlimann
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Thomas Lenormand
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Yan Galimov
§Koltsov Institute of Developmental Biology, Russian Academy of Sciences, 119334 Moscow, Russia
Christoph R. Haag
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland

Data supplements
Files in this data supplement:
- Supporting Information: Files S1-S6, Figures S1-S2, and Tables S1-S4 (PDF, 1 MB)
- File S1: Assessing the inter-chromosomal pattern when centromere locations are unknown. (PDF, 86 KB)
- File S2: Expected offspring heterozygosity under central vs. terminal fusion. (PDF, 219 KB)
- File S3: Detailed RAD-sequencing protocol and analysis of RAD-sequencing data. (PDF, 95 KB)
- File S4: Raw and corrected SNP data set for all offspring of the AST-01-04 NMP clone. (.xlsx, 337 KB)
- File S5: Raw and corrected SNP data set for all offspring of the RM-1-18 MP clone. (.xlsx, 522 KB)
- File S6: The genetic map v4.0.1. (.xlsx, 202 KB)
- Figure S1: Heterozygosity depending on marker position along each linkage group. (PDF, 146 KB)
- Figure S2: Mapping functions under different degrees of interference. (PDF, 319 KB)
- Table S1: Microsatellite genotypes of parents and offspring. (PDF, 295 KB)
- Table S2: Heterozygosity of microsatellite loci in relation to the distance from the centromere. (PDF, 300 KB)
- Table S3: Number of RAD loci and average heterozygosity per linkage group. (PDF, 300 KB)
- Table S4: The ten most frequently observed segregation patterns. (PDF, 305 KB)
PUBLICATION INFORMATION
ARTICLE CLASSIFICATION
Uncovering Cryptic Asexuality in Daphnia magna by RAD Sequencing
Nils Svendsen, Celine M. O. Reisser, Marinela Dukić, Virginie Thuillier, Adeline Ségard, Cathy Liautard-Haag, Dominique Fasel, Evelin Hürlimann, Thomas Lenormand, Yan Galimov and Christoph R. Haag
Genetics November 1, 2015 vol. 201 no. 3 1143-1155; https://doi.org/10.1534/genetics.115.179879
Nils Svendsen
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Celine M. O. Reisser
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Marinela Dukić
‡Zoology Institute, Evolutionary Biology, University of Basel, 4051 Basel, Switzerland
Virginie Thuillier
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Adeline Ségard
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Cathy Liautard-Haag
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Dominique Fasel
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Evelin Hürlimann
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Thomas Lenormand
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Yan Galimov
§Koltsov Institute of Developmental Biology, Russian Academy of Sciences, 119334 Moscow, Russia
Christoph R. Haag
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Uncovering Cryptic Asexuality in Daphnia magna by RAD Sequencing
Nils Svendsen, Celine M. O. Reisser, Marinela Dukić, Virginie Thuillier, Adeline Ségard, Cathy Liautard-Haag, Dominique Fasel, Evelin Hürlimann, Thomas Lenormand, Yan Galimov and Christoph R. Haag
Genetics November 1, 2015 vol. 201 no. 3 1143-1155; https://doi.org/10.1534/genetics.115.179879
Nils Svendsen
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Celine M. O. Reisser
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Marinela Dukić
‡Zoology Institute, Evolutionary Biology, University of Basel, 4051 Basel, Switzerland
Virginie Thuillier
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Adeline Ségard
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Cathy Liautard-Haag
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Dominique Fasel
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Evelin Hürlimann
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland
Thomas Lenormand
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
Yan Galimov
§Koltsov Institute of Developmental Biology, Russian Academy of Sciences, 119334 Moscow, Russia
Christoph R. Haag
*Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)–Unité Mixte de Recherche 5175, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)–Université de Montpellier–Université Paul-Valéry Montpellier–Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), campus CNRS, 19, 34293 Montpellier Cedex 5, France
†Ecology and Evolution, University of Fribourg, 1700 Fribourg, Switzerland